Szacuje się, że osobiście zamordował około 500 więźniów obozu w Płaszowie. 13 marca 1943 roku Göth przystąpił do ostatecznej likwidacji getta w Krakowie. Żydzi mieszkający w getcie byli podzieleni na dwie grupy: w getcie A mieszkali ci, którzy "mieli przeżyć". Zostali ocenieni jako „zdolni do pracy” i mieli być przewiezieni do obozu w Płaszowie. W getcie B, oddzielonym od części A drutem kolczastym, żyli ludzie starzy, chorzy i dzieci – ci, którzy mieli zostać uśmierceni.

Göth wykazywał się szczególnym okrucieństwem, mordując zwłaszcza matki z dziećmi i starców. W trakcie pełnienia służby zgromadził wielki majątek, zrabowany ofiarom. Skala jego rabunków była tak wielka, że pomimo nieformalnego przyzwolenia na bogacenie się kosztem ofiar obozów, Göth został za to aresztowany przez władze niemieckie w roku 1944. Uniknął procesu i trafił do szpitala w Bad Tolz, gdzie 5 maja 1945 roku został aresztowany przez żołnierzy armii amerykańskiej. Początkowo ukrywał się pod inną tożsamością, ale został rozpoznany przez 4 więźniów płaszowskiego obozu.

W lipcu 1946 roku przewieziono go do Polski, gdzie w sierpniu rozpoczął się jego proces, a we wrześniu usłyszał wyrok śmierci. Wyrok wykonano 13 września 1946 przez powieszenie.